W niecałe półtora roku od wybuchu II wojny światowej św. Maksymilian
doświadczył dwóch aresztowań. Po pierwszym, które trwało
prawie trzy miesiące, powrócił do Niepokalanowa.
Drugie aresztowanie powiodło Go
przez Pawiak do Auschwitz,
gdzie oddał życie za współwięźnia.
Tragedia II wojny światowej rozpoczęła się w piątek, 1 września 1939 roku. Już w pierwszym dniu odczuła to cała Polska. Niepokalanów został zaatakowany w niedzielę, 3 września. Zbombardowano okolicę klasztoru. Ponowny atak miał miejsce 7 września. Niemcy zrzucili kilka bomb, strzelali z samolotów z broni maszynowej. Nalot z przerwami trwał około czterech godzin. Na szczęście nie wyrządził większych szkód. Jedna z bomb zniszczyła dwa pomieszczenia gościnne przy tak zwanej nowej furcie (dzisiaj nie ma tego budynku).
Ojciec Prowincjał nakazał braciom opuścić klasztor i wyjechać do domów rodzinnych. W Niepokalanowie z 700 zakonników pozostało 34 braci i 2 ojców, którzy mieli dbać o klasztor.
Tego, co przyniósł 19 września, nikt się nie spodziewał, mimo że w głębi duszy wszyscy zdawali sobie sprawę, iż Niemcy nie zostawią Niepokalanowa w spokoju. Około godziny 10 rano dzwonek wezwał mieszkańców na zbiórkę. Rozpoczęło się pierwsze aresztowanie. Niektórzy przeczuwali, co ich czeka, i zaopatrzyli się od razu w cieplejszą odzież, inni, wśród nich także Ojciec Maksymilian, przyszli w takich ubraniach, w jakich ich zastał dzwonek. Zebrani w pobliżu refektarza poprosili żołnierza, który ich pilnował, by mogli jeszcze pójść i zaopatrzyć się w cieplejsze rzeczy. Po chwili wahania żołnierz zgodził się. Jednocześnie tłumaczył, że będą zabierani tylko dla przeprowadzenia ewidencji. Pozwolono pozostać w klasztorze dwóm braciom, by opiekowali się rannymi żołnierzami. Poproszono więc Ojca Maksymiliana, by pozostał, ale On nie zgodził się i rzekł: Pojadę z wami…
Aresztowanych poprowadzono w stronę szosy warszawskiej. W pobliżu starej kaplicy jeden z żołnierzy zrobił im fotografię, która dziwnym trafem została po wojnie odnaleziona w pewnym poniemieckim domu koło Wlenia. Znalazł ją przesiedleniec ze wschodu i odesłał do Niepokalanowa.
Pierwsze aresztowanie trwało prawie trzy miesiące. Po długiej podróży bracia przez kilka tygodni przebywali w obozie w Amtitz. Później zostali przewiezieni do Ostrzeszowa, gdzie spędzili kolejne tygodnie. W drogę ku wolności załadowano ich do pociągu 8 grudnia – w uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Dzień później byli już w Warszawie, skąd udali się do Niepokalanowa.
Po pierwszych miesiącach wojny wielu braci powróciło do Niepokalanowa. Choć nie można było prowadzić działalności wydawniczej, mieli pełne ręce roboty. Napisał o tym Ojciec Maksymilian w liście do br. Kornela Kaczmarka, który przebywał w obozie w Dachau. Zachował się polski brudnopis tego listu, który jest jednocześnie sprawozdaniem z życia Niepokalanowa spisanym w telegraficznym skrócie:
U nas – dzięki Niepokalanej – większość braci zdołała powrócić, ale bardzo duża jeszcze ich część pozostaje poza granicą bolszewicką i nie można uzyskać zezwolenia na powrót.
W klasztorze naszym obecnie prowadzimy mleczarnię okręgową. Kieruje br. Hadrian; drukuje się urzędowe pismo [było to pismo dla starostwa sochaczewskiego], naprawiamy maszyny rolnicze i budujemy też nowe, naprawiamy traktory, samochody, rowery. Na grudzień/styczeń wyszedł też jednorazowo „Rycerz”. Co do dalszego wydawania oczekujemy na decyzję władz. Na ogół klasztor rozwija silną działalność dobroczynną, zwłaszcza sanitarną, żywnościową i odzieżową na całą okolicę. Prowadzimy też oddział Czerwonego Krzyża dla polskich jeńców wojennych.
Dwa razy gościliśmy też obóz wysiedleńczy, raz 2000 Polaków i 1500 Żydów, a następnie 1500 Volksdeutschów. Placmajstrem jest br. Czesław.
Najważniejszą czynnością jest całodzienna adoracja Przenajświętszego Sakramentu. Każdy ma wyznaczone sobie codziennie na to pół godziny. Modlimy się często za braci nie obecnych jeszcze – gdziekolwiek by się znajdowali.
W tej chwili tak jesteśmy zawaleni pracami, że brakuje rąk. A jest to działalność zmierzająca do powiększenia ilości żywności w całej okolicy przez maszyny rolnicze, traktory, mleczarnię itd.
Święto Matki Bożej Gromnicznej (2 lutego) wypadało w niedzielę. Tego dnia Ojciec Maksymilian wygłosił przemówienie o ofierze: Dziś święto Ofiarowania. To ofiarowanie całkowite, bez zastrzeżeń jest warunkiem całkowitego rozwoju życia łaski… Od Pana Boga w każdej chwili otrzymujemy wszystko w porządku przyrodzonym i nadprzyrodzonym. Wypada, żebyśmy to wszystko oddali, żeby nie było żadnego „ale”. Zaporą jest każde zastrzeżenie i przywiązanie do czegokolwiek
i kogokolwiek…